Das Seminar wird von der Union Evangelischer Kirchen (UEK) in der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) getragen. An der Ausbildung am Predigerseminar Wittenberg beteiligen sich vier Landeskirchen. Das Kuratorium unter dem Vorsitz von Bischof Dr. Christian Stäblein der Evangelischen Kirche Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz verantwortet die Ausbildung.